Но если бы было такое название, то говорили бы именно так.

Подозреваю, что в случае с Мадагаскаром дело не в том, что "Республика Мадагаскар" - официальное название государства, а в том, что со словом "республика" употребляется "в".

Вообще-то эти предлоги как-то хитро используются.

"На Кубани" - "в Поволжье".
"В комнате" - "на кухне".
"В Альпах" - "на Балканах"

Даже с островами все непросто.
"На Кубе" - "в Исландии"


Насчет "в Украине" - не знаю. Мне лично как-то режет ухо. Да и мой отец-украинец "на Украине" чаще говорит. Сложилось как-то так.